残った軟式ボールメーカーは、以下の７社でした。

・長瀬ゴム製作所
・東神ゴム工業株式会社
・川崎ゴム製作所
・桑沢ゴム工業株式会社
・滝ノ川ゴム株式会社
・三田土ゴム製造株式会社
・山二ゴム

　しかし、上記各社はそれぞれ十分な原料生ゴムの割り当てがなかったため、長瀬ゴム製作所で「健康ボール」を共同製造するしかありませんでした。この頃の配給状況は、年に２回、１回に１チーム２〜３個に悪化しています。

　第一次企業整備が行なわれた翌月、第２次近衛内閣が成立。そして同年１０月には大政翼賛会が結成され、従来の政党はすべて解散させられました。労働組合もすべて解散され、労働者は大日本産業報国会の傘下におかれることとなりました。１９４１年４月、各地の体育協会などは、陸軍大将東条英機を総裁とする大日本体育報国会にまとめられ、日本軟式野球綜合協会もそこに吸収されることになりました。その半年後の１０月、東条英機は首相となります。つまり、他の競技団体もそうですが、野球団体は一時期首相直轄の組織だったということになります。第２回まで日本軟式野球綜合協会が開催していた全国大会は、大日本体育報国会が主催となって第３回を開催する予定でしたが、これは日米開戦のため中止されました。

　１９４１年（昭和１６年）１２月８日の真珠湾攻撃に始まった大平洋戦争は、当初日本が圧倒的な勝利を納めました。しかし、翌年６月のミッドウェー海戦の敗北から戦局は逆転することになります。

　細々と軟式ボールを製造していたメーカー７社は、当局の指示により、１９４３年（昭和１８年）３月、日本軟式野球ボール製造株式会社に統合されることになりました。しかし、戦況はさらに悪化し、同年１０月、第二次企業整備が実施されるに及んで、工場が廃止に追い込まれ、ついに軟式ボールの製造は中止されることとなりました。
　戦局は、１９４４年（昭和１９年）７月サイパン島陥落、１９４５年２月硫黄島陥落、４月米軍の沖縄上陸と敗色の度を強め、国民は野球どころではない状況に置かれます。野球場は軍隊施設や畑などに姿を変えていきました。