現在流通しているスキャナーには二つのタイプがあります。

２種類の特性の違いを理解した上で、何をどんな風に取り込むかでどちらを選ぶかを決めることになります。
CISタイプの方が薄くて（置き場所に困らない）扱いが楽（USBバスパワーで動く）のですが、CCDタイプで無いと出来ない事もあります。

CCDタイプ

薄型スタイリッシュCCDスキャナ 　EPSON Colorio フラットベッドスキャナー GT-S630 4800dpi CCDセンサ A4対応

読み取り部にCCDを使用したタイプ ・蛍光管で原稿を照らす。 ・原稿台の下のミラーに原稿を反射させる。 ・CCDで取り込む。 構造上 ・ある程度の厚みが必要 ・値段がやや高めになる ・蛍光管を使用している為、USBから電源を取る事が難しい。 ・奥行きのある原稿でもピントがあいやすく，画質も高い

CISタイプ

廉価なCISスキャナ 　カラーイメージスキャナCanoScan LiDE210

読み取り部にCISを使用したタイプ ・ガラス面のすぐ下にCISセンサーがあり、原稿を直接取り込む。 CCDでは必要なミラーがないぶん，本体が薄く軽い。 原稿に密着して直接読み込む構造上 ・値段が安い(CCDタイプも廉価な製品が出てきたため大きな差は無くなっています。) ・ピント調節が甘く，原稿が台から浮いてしまうとぼけてしまう。 ・透過原稿(フィルムなど)は読み取れない。 USBから電源が取れるので電源アダプタがいらず扱いが楽なのも一つの利点です。 CIS半導体の特性上 ・色むらが出やすい。（大きめに取り込んで縮小すれば実用上は問題無い) ・CCDに比べて寿命が短い。(個人で使用するレベルでは気にならない長さではある。)

参考記事
　○　なるほどスキャナー活用法
　○　これでプロ級 スキャナの上手な活用法 仕組み・組込み・データ加工
　○　必冊!ズバズバわかるデジカメ・スキャナ・プリンタ「超」活用入門 (アスキームック)