・アルプス越え
ロシア軍が春に同盟から手を引いたものの、イタリアではメラスのオーストリア軍は１０万人の兵でマセナのフランス軍５万人に対抗していた。メラスは南仏へ侵入する前にジェノヴァ奪取を命じられ、それをイギリス海軍が支援することになった。オーストリア軍は４月上旬に進発。２万４０００人のオーストリア兵が４月２０日から（１９日からの説もある）ジェノヴァを包囲した。１万８０００人の部隊（１万２０００人の説もある）とともに包囲されたマセナは５月１１日と１３日に包囲突破を試みるが失敗。スールトが負傷し捕虜になった。だが、食糧不足が深刻になった５月下旬にもマセナはジェノヴァを保持していた。・モンテベロ
ボナパルトはメラスがパニックになって退却してくると予想していた。しかし、６月４日にジェノヴァが陥落したため彼の作戦計画は全面変更を余儀なくされた。ジェノヴァ包囲戦でのフランス軍の損害は４０００人、オーストリア軍は６０００人だった。フランス軍のうち８１００人はジェノヴァを出てスーシェの部隊に合流するのを認められた。これによってオーストリア軍はジェノヴァ港経由の補給が可能となり、ボナパルトはオーストリア軍が集結する前に攻撃を仕掛ける必要に迫られた。・マレンゴの戦い（１８００年６月１４日）
メラスがジェノヴァへ退却する可能性を考えたボナパルトはドゼーを南方へ、ラポワプを北方へ送り出す。６月１４日朝、メラスは素早い攻撃こそが必要だと判断しアレッサンドリアから部隊を出撃させた。ボルミダ河の渡河に時間を要したものの、この攻撃は奇襲になった。ヴィクトールの２個師団はランヌ軍団が増援として到着するまで１時間に渡って攻撃を支えた。増援によってフランス軍は１万５０００人（うち騎兵６００人、大砲１５門）になったが、オーストリア軍は３万人（騎兵５０００人、大砲１００門）を擁していた。午前の中ごろには、オーストリア軍の本格的な攻勢を受けていることに気づいたボナパルトがドゼーとラポワプに戻ってくるよう命令を出した。しかし、中央は数で圧倒され、北翼からオットの部隊によって側面包囲されそうになったフランス軍の状況は絶望的だった。北方での反撃で中央の破断は免れたものの、午後中ごろにフランス全軍（今や２万３０００人まで増えていた）は全面退却へ転じていた。この時点でメラスは軽傷を負い、追撃を参謀長ツァッハに任せて自らはアレッサンドリアへ退いた。ツァッハのゆっくりとした追撃によりボナパルトはサン＝ジュリアーノ付近で部隊を再編することができた。午後５時ごろ、ドゼーが戦場に到着。夕方早くにボナパルトは反撃を開始した。使えるわずかな大砲でオーストリア軍の長く伸びた縦列を砲撃し、さらにケレルマンの騎兵４００人による側面への突撃でオーストリア軍を壊走させた。フランス軍の追撃によりオーストリア軍は午後９時には戦場を去った。わずかにオットの北翼部隊だけが秩序ある後退をした。参加兵力はフランス軍２万８１００人、オーストリア軍２万９１００人の説もある。損害はフランス７０００人（５６００人の説もある）、オーストリア１万４０００人（９４００人の説もある）だった。メラスは翌１５日、フランス軍に休戦を申し込んだ。同日夕方に調印されたアレッサンドリア合意により、オーストリア軍は守備隊も含めて北部イタリアから撤退。ウィーンの返事を待つ間の戦闘休止が約束された。・休戦明け
フランスとオーストリアの講和に向けた話し合いは不調に終わった。アルプスの南側ではマクドナルド率いるグリゾン軍１万５０００人と、ミンチオ河沿いに展開するブリュヌのイタリア方面軍８万人が連携し、ティロル及びイタリアに展開するオーストリア軍と対峙していた。マクドナルドは１万２０００人を率いて冬のシュプルーゲン峠を越え、ティロルへ侵攻。その前進を待ってブリュヌもミンチオ河に展開するベレガルデのオーストリア軍（７万人）への攻撃準備を整えた。