・フランス軍の前進
ラインではカール大公が指揮権をクライに譲った。この年の春の段階でクライが率いた兵は１４万人（１２万人の説もある）だった。一方、モロー率いるライン軍は１３万７０００人に達しており、彼はそれを４つの「軍団」に分けて運用した。当初、モローはボナパルトから予備軍の軍事行動に協力するよう要請されたが、彼はボナパルトの計画は大胆すぎるとの理由から協力を拒否。ライン軍は独自の戦役を繰り広げることになった。・ヘーヒシュテット
モローは機動によってオーストリア軍をウルムから退却させようと試みた。彼はウルムを大きく迂回し、６月１９日にウルムからドナウ下流６０キロメートルのところにあるヘーヒシュテットでオーストリア軍を攻撃した。フランス軍の最初の攻撃は奇襲となった。クライは予備部隊を率いて戦場に到着し、激しい戦闘の末日中はオーストリア軍の拠点を守った。しかし、夜になってモローは町を奪い、河の両岸を確保した。戦闘の時期は１８−１９日だという説もある。フランス軍は４万人、オーストリア軍は７万人（１万人の説もある）が戦闘に加わり、損害はフランス軍１０００人、オーストリア軍５０００人（４０００人の説もある）だった。クライは夜が明ける前に部隊をイン河へと退却させた。・ホーエンリンデンの戦い（１８００年１２月３日）
夏の間に行われたフランスとオーストリアの講和の話し合いは不調に終わり、タカ派のトゥーグートなどに後押しされたオーストリア皇帝フランツは１１月１３日に交戦状態を再開した。ライン方面のオーストリア軍は休戦の間に部隊を再編し１２万人（１３万人の説もある）を集結させたが、クライに代わる指揮官はそれまで軍を指揮したことがないヨハン大公であり、部隊の士気は上がらなかった。フランス軍１８万人の指揮はモローが取っており、ミュンヘンからイザール川を越えて進む準備をしていた。
３日、激しく雪が降る中、オーストリア軍は部隊を４つの縦隊に分けてホーエンリンデンへと前進を再開した。リーシュの１万３３００人が最左翼に、主力となるコロヴラットの２万２０００人がその右に展開し、そのすぐ右に１万人を率いるベイユがホーエンリンデンへ向かう主要道路に平行して深い森の中を進んだ。最右翼はキーンマイヤーが１万６０００人を率いてイゼン川沿いに前進した。これに対しフランス軍はホーエンリンデンから北方ハルトーフェンまでをグルニエの軍団（ルグラン、バストゥール、ネイ、グルーシー師団などで構成）で防衛し、右翼からリシュパンスなどが前進してオーストリア軍の側面を攻撃する作戦を立てた。オーストリア軍は主要道路を通ったコロヴラット縦隊が突出する一方で他の部隊の前進は悪天候もあって遅れが生じた。特に左翼のリーシュが進撃できずにいる間にリシュパンスがその前方を通り過ぎてコロヴラット縦隊の背後に進出。オーストリア軍を包囲してこれをパニックに陥れるのに成功した。一方、フランス側はグルニエ軍団がオーストリア軍をひきつけるのに成功。オーストリア軍のうちリーシュとベイユの縦隊は結局まともに戦闘に参加しないまま、コロヴラット縦隊の敗北を受けて退却した。最右翼のうちシュヴァルツェンベルク率いる部隊がグルニエ相手に奮闘したものの、他の部隊が全面退却に移る中で彼らにできるのは整然と後退することだけだった。フランス軍は７万６４００人、オーストリア軍は５万８２００人が参戦し、損害はフランス軍７０００人（５０００人、２５００人の説もある）、オーストリア軍１万８０００人（１万１６００人の説もある）だった。退却は壊走に変わり、オーストリア軍はザルツブルク付近で部隊の立て直しを図ったが失敗した。１２月１７日、カール大公がオーストリア軍の指揮官となり、彼は２５日にシュタイアーでフランス軍と休戦を結んだ。