Pmacsの細かな動作・環境はシステム定義ファイル(Pmacs.cnf)によって定義されている．これは，本来ユーザが直接変更すべきものではないが，現段階では，これを編集する以外にカスタマイズする方法はない．
ここでは，システム定義ファイルによって，定義される各項目について述べる．
!!注意!!
システム定義ファイルはアプリケーション終了時に更新される．だから，このファイルを変更するのは，アプリケーション終了後に行わなければならない（アプリケーション実行中に行った変更は終了時に無効となる）
Susie_dir
ファイルロードに用いるSusieプラグインファイルのあるディレクトリを示す
Saver_dir
ファイルセーブAdd-inファイルのあるディレクトリを示す
Subwin_dir
補助ウィンドウAdd-inファイルのあるディレクトリを示す
Draw_dir
描画定義Add-inファイルのあるディレクトリを示す
Effect_dir
エフェクタAdd-inファイルのあるディレクトリを示す
Stat_dir
各種設定ファイルのあるディレクトリを示す
MainWinMenu
メインウィンドウ用メニュー定義ファイルのファイル名
EditWinMenu
編集ウィンドウ用メニュー定義ファイルのファイル名
KeyMap
キー操作定義ファイルのファイル名
NewImageX
NewImageY
新規画像を開く時のデフォルトサイズ
InitZoom
画像を開いた時の表示倍率
（マイナスの時は縮小）
AutoAdjustMode
1の時，ウィンドウサイズ自動調整モードにする
WinCloseWhenNoImage
0の時，表示すべき画像がなくなっても，編集ウィンドウを閉じない
1の時，表示すべき画像がなくなったら，編集ウィンドウを閉じる
CloseAllImageWhenQuit
0の時，アプリ終了時に変更のあった画像をセーブするか，１つずつ尋ねる
1の時，アプリ終了時に1度だけ，セーブするか尋ねる．
CloseImageWithWindow
0の時，編集ウィンドウを閉じても，画像は閉じない
1の時，編集ウィンドウを閉じると，その時表示されていた画像を同時に閉じるようにする
CloseButtonAsCloseImage
0の時，×ボタンで編集ウィンドウを閉じる
1の時，×ボタンでまず画像を閉じる．
CopyOnlyRegionToClip
0の時，コピーで領域情報をコピーしない
1の時，コピーで領域情報をコピーする
EffectAutoPreview
0の時，エフェクト条件変更時に自動プレビューしない
1の時，エフェクト条件変更時に自動プレビューする
AutoChangeDrawWithFuncColor
0の時，機能色と描画法が不正な場合，警告を出す
1の時，機能色と描画法が不正な場合，適当な描画法に自動変更する
FrameX
FrameY
画像の余白部（画像の周りの灰色の部分）のサイズ
AdjMaxSizeX
AdjMaxSizeY
ウィンドウサイズ調整時のウィンドウの最大サイズ
DrawParameterX
DrawParameterY
描画定義パラメータ設定ウィンドウの大きさ
ColorValue
アプリ起動時のカレントカラーの値．
ColorValue [色番号] [R] [G] [B] [機能色番号] [透明度] [領域設定] [領域指定モード]
色番号 0 描画色
1 背景色
2 グラデーション１
3 グラデーション２
4 グラデーション３
5 グラデーション４
6-15 予備
領域指定 領域指定・マスク指定のマスクパターンを示す
領域指定モード
0 領域指定はしない
1 領域指定マスクパターンとのORをとる（領域セットモード）
2 領域指定マスクパターンとのANDをとる（領域クリアモード）
3 領域指定マスクパターンとのEORをとる（領域反転モード）
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