ls	ファイル一覧の表示
pwd	カレントディレクトリの表示
cd	カレントディレクトリの変更
mkdir　rmdir	ディレクトリの作成と削除
>>　echo　cat	リダイレクトと文字列表示とファイルの表示
grep	パターンの検索
cp	ファイルのコピー
mv　rm	ファイルの移動と削除
diff	ファイルの差分を表示
find	ファイルを検索
\|（パイプ）	パイプ

Cygwinを起動するとbashのプロンプト「$」が表示されます。bashがコマンドを受け付ける状態にあります。ここでいろいろなコマンドを入力して作業します。bashはWindowsのエクスプローラにあたります。bashでファイル一覧を見たり、ファイルをコピーしたりできます。初めは使い難いですが、慣れてくると、テキストファイルの操作などはエクスプローラより便利だと感じるかもしれません。プログラム開発でよく使うコマンドの簡単な説明をします。詳細な説明は必要に応じてマニュアルを参照してください。
環境によってはbashのプロンプトにたいして「man コマンド名」と入力するとヘルプが表示されます。