基本設定
設定の確認
WindowsのスタートメニューからMySQL\MySQL Command Line Clientを選択します。
インストール時にウイザードで基本設定が完了していますので、パスワードを入力すれば下記画面が表示されるはずです。
 
もしも表示されない場合には、設定が間違っている、或いはMySQLが起動されていないなどの状態ですので調査が必要です。

MySQLが使えない
ウイザードを使わなくても設定は可能ですので、手作業での設定方法を記載します。
MySQLが使えない場合には、手作業で調査する以外に方法はないでしょうから知っていても損はありません。

MySQLの起動
MySQLがサービスとして登録・起動されているかを調査します。
 

 
MySQLのサービス自体が登録されていない場合には下記コマンドで登録します。
mysqld-nt --install-manual
Service successfully installed. が表示されればＯＫです。
既にインストールされている場合には、
The service already exists!
The current server installed: C:\php\MySQL-5.0\bin\mysqld-nt MySQL
と表示されます。

削除したい場合には下記コマンドで削除できます。
mysqld-nt --remove
Service successfully removed. が表示されればＯＫです。

サービスのウィンドウで「開始」「停止」をおこないますが、コマンドでもできます。
MySQLのサービス開始と停止のコマンド。
net start mysql
net stop mysql

MySQLのコマンド自体が使えない
mysqld-nt --install-manual
'mysqld-nt' は、内部コマンドまたは外部コマンド、
操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。
のエラーが表示される場合にはWindowsの環境変数PathにMySQLが未登録です。
C:\php\MySQL-5.0\bin
を追加登録してください。

MySQLの設定ウイザード
WindowsのスタートメニューからMySQL\MySQL Server Instance Config Wizardを選択して設定ウイザードを起動できます。
更新もおこなえますので、これを使って再設定するほうが簡単で確実でしょう。
それっぽい設定をおこなわせてから詳細部分を手作業でおこなうのがベターのようです。

MySQLの設定は、C:\php\MySQL-5.0\my.ini ファイルでおこないます。

日本語への対応は、my.iniを開き下記を追加します。
[mysql]
default-character-set=ujis
language=japanese
MySQLサービスを再起動すると、my.iniの更新情報が読み込まれて有効になります。

MySQLのキャラクタコードは下記のようになっております。
 一般のコード  MySQLのcharacter set  備考     
 デフォルト   utf8  
 UTF-8  utf8  
 EUC-JP  ujis  一般と全く違うので注意！   
 Shift_JIS  sjis  
これで、取りあえずはMySQLを使える状態には設定できましたので、
次はアプリケーション用のデータベース構築とPHPからの呼び出しなどの作業に進みます。