パソコンと3D写真編集用のステレオフォトメーカー（フリーソフトウェア）を用意します。
ステレオフォトメーカーは下記の「むちゃんのステレオワールド」からダウンロード出来ます。
http://stereo.jpn.org/jpn/stphmkr/index.html

このソフトは世界的にも有名なソフトで、3D写真の上下左右のずれや、飛び出し効果の変化、対応する機器にあわせた調整も出来る優れものです。
フジフィルムの3Dカメラで撮影した場合はそのままで3Dテレビやパソコンで見られますが、左右別々に保存された写真をステレオ写真ファイルとして保存するときには必要です。いろんな形式で保存できますが、他の機器との併用を考え拡張子がMPOとなるファイルでの保存が一番です。

まず、お持ちのパソコンがゲーム専用機器のようにビデオカードがGEFORCE200以上搭載されているような場合は、ディスプレイのリフレッシュレートが120Hz以上の3D専用のディスプレイをご用意するのが一番です。それに、NVIDIAの3Dシステムを組み合わせます。
お持ちのパソコンがごく一般的なメールやWEBを見たり、文書作成や表計算するようなパソコンの場合、偏光フィルターを貼り付けた3D対応のディスプレイを追加することをお勧めします。このディスプレイの場合、パソコンの性能はあまり関係ありません。
再生される画質のみで言えば、NVIDIAの3Dシステムが一番で、偏光フィルターのディスプレイがその次となります。偏光フィルターの場合、どうしても解像度が半分になります。

NVIDIAに代表される方式は、フレームシーケンス方式といい、左右の画像を画面上で交互に表示しそれに合わせて、液晶シャッターメガネが閉じたり開いたりして3D画像を構成します。
それに対し、偏光フィルターのディスプレイの場合、左用の画面と、右用の画面を、走査線の奇数と偶数という感じで振り分けて表示するものです。画像の調整やMPOファイルの作成などの作業には画面も明るく、使いやすいのですが最終的な観賞用にはアナログのフィルムに比べ画質が落ちます。