地球上に暗躍するエイリアンを討つために国連の支援を得て作られた秘密組織・ブルースワット。
この組織が本格活動を開始しようとした矢先、ブルースワット攻撃セクション主任・不破にインヴェード（憑依）したエイリアンによって組織は滅ぼされてしまった。
組織の中で唯一生き残った鳴海 翔（通称：ショウ）、美杉沙羅（通称：サラ）、シグの3人はダミー企業ブルーリサーチを拠点に、民間人の宇佐美星児（通称：セイジ）と麻生すみれ（通称：スミレ）と共にエイリアン軍団・スペースマフィアを相手に、人知れぬロンリーバトルを展開していく。