ナナがゼロツーを連れて行く。上層部はヒロのことを気にしている。 実機を使った訓練開始。 ヒロは実機で模擬戦をすることになって、イチゴ(市ノ瀬加那)がパートナーに。 対戦相手はゾロメ達。 途中で動かなくなって、ゼロツーとの時はキスしたと言うとイチゴともキスすることに。 でも駄目だった。可哀想に。
許可されてないエリアにゼロツーと一緒に入って街を見る。 みんなは実戦に出る。 イクノは動かないので3機で。 油断してミク達がやられる。さらに敵がたくさん出てきて、ゼロツーとミツルが救援に来る。 大暴れするけど、やっぱりミツルはボロボロに。 かつて優秀だったヒロに対する羨望があるんだな。
ゼロツーには前線に戻る指示が来る。 外から敵が来て4機で出撃。 ゼロツーは連れられて行くけどヒロが引き止めると戻ってきて、勝手に乗り込んで出撃。 敵が長いけどみんなで動きを止めてヒロ達が中を貫いてコアを破壊。
他の都市とドッキングして燃料を受け渡す。 ヒロは熱が出る。 ミツルは大丈夫そうに見えたけど薬を飲んでる。 相手の都市の子供と交流。大人にはなれないらしい。 ヒロは熱どころか体がどうにかなっている。 やっぱり敵は来て、ヒロ達も出ることに。 イチゴやゴローは何とかしようとする。
敵の大群と交戦開始。 ヒロはかなり辛そう。 巨大な敵が人形になって迫ってきて、ヒロたちがとどめを刺す。 倒したと思ったけどまで生きていて、ヒロは気絶するけど何とか復帰して今後こそ倒す。 体も普通に戻ってる。気持ちの問題かな。
休暇にみんなで海に行く。 ゼロツーは正式にヒロのパートナーになった。 キスの話をする。 廃墟を見つけて入ってみる。 夜にイチゴと二人で歩いて星の話をする。
敵の攻撃で服が溶ける。ただのサービスかと思ったらそこから喧嘩になって、境界線を引く。 ゼロツーの仕業で女子の入浴中の風呂に入ったり服を持っていかれたり。 ミクが隠れた部屋は前の部隊が使っていたもので、彼らは全滅したと判る。
一年に一度のプレゼントの日に、ゼロツーに手鏡をあげる。 ゴローはイチゴが好きで、イチゴはヒロが好きだと自覚する。 出撃して、ゾロメ達を助けてイチゴ達が捕まる。 敵が自爆して、ゴローはイチゴを射出してゴローだけ敵の中に取り残される。 噴出孔からイチゴが入って脱出成功。 内部から爆破して敵も倒す。
勲章が出ることになって都市に入れる。 帰りにゾロメが発電所を見物していたら、戻れなくなって女性に助けられる。 ゾロメ達は体の構造が違うらしい。 女性のパートナーは機械の中に入っている。 都市に住むのは無理だと言われる。
ミツルは熱を出して倒れる。 生存率の低い注射を打った頃から変わったらしい。 ココロがミツルとパートナーを組んでみるけどあんまりうまく行かない。 巨大な敵がきて、交代したまま出撃。ミツルは途中でやる気を失くす。 ココロはスタンピードモードに入るけどミツルが止める。 結局ココロ取られてる。
OPのパートナーが変わってる。 育成施設に検査に行くと、親衛隊がいてゼロツーをイオタと呼んでいる。 禁止されているけどみんなでガーデン見学に行くと育成が強まっている。 ナオミは戻っていない。 親衛隊の人がイチゴにゼロツーは人間ではないと話す。 ゼロツーは荒れていて、ヒロがゼロツーに告白するけど餌だと言われる。 検査によるとゼロツーもヒロも人間でなくなりつつあるらしい。
ゼロツーが小さい頃、絵本を渡された。 ヒロは小さい頃にゼロツーを見かけて、窓を壊して二人で逃げる。 002は鬼の意味だったのか。 でも二人は捕まって、記憶は消去される。 ミツルの悲劇も絡んでる。
ゼロツーが絵本の女の子だと思い出したと伝える。ゼロツーの方も知らなかったんだな。 ヒロに会おうとするゼロツーをイチゴが阻止。 大規模な作戦があって、ゼロツーはナインズに戻されることに。 ゼロツーが暴れてヒロに化物と言われて、ゼロツーは大人しく出ていくことに。 ヒロは追いかけようとするけどイチゴがキスして止める。
グランクレバスに出撃。ヒロは留守番。 都市サイズの敵が出てきて、小型の敵が都市の中に入ってくる。 ヒロも訓練機で出るとゴローが代わってくれてゼロツーの所に。 ヒロはゼロツーの方に乗り換えて、ゼロツーとキスして敵を一気に倒す。 終わったと思ったら巨大な手が出てくる。
食料の補給だけある状態で子供だけでの生活開始。 ゼロツーはまともになってる。 ミツルは髪を切る。 食料が届かなくなった時の為に自分で調理してみる。薪とか小麦粉とかはあるんだ。 でも捨てられたんじゃないかと不安になる。
親衛隊の5人が来る。 ヒロは角が生えてきている。 ココロは出産の本を読んでいてミツルで実践しようとする。 本が見つかって問題になる。 泣いているココロにミツルがキスする。
もうすぐ今の場所を放棄するので、その前にココロとミツルの結婚式をやりたいと言い出す。 イクノはイチゴが好きだと告白。 結婚式でキスする直前に踏み込まれて、二人は連れて行かれる。 別の施設で再会すると、二人はお互いの記憶を消されていた。
ヴェルナーがクローンの研究をしていたらエイプという謎の科学者集団にスカウトされて不老不死の研究を始めた。 成功したけど生殖能力が失われることが判る。 それとは関係なく、マグマ燃料のせいで砂漠化が進行して、いきなり敵が現れて兵器の開発に転向。何でもできるな。 パイロットに生殖能力が必要だと判る。そういう設計じゃないのか。 敵のクイーンの調査に行くと太古の文明を発見して手を食いちぎられる。 でも髪の毛のサンプルを持ち帰ってクローンを作る。 オリジナルが001なのか。
敵の兵器を使う為にゼロツーは育てられたらしい。 大規模な作戦開始。 ミツルはココロと組んで出撃するけど、お互いの名前を呼ぶと頭痛がする。 ヒロ達は地下に降りる。 そこに001が来て、ゼロツーを降ろして代わりに自分が乗る。 敵の正体について説明。 唐突に宇宙戦争が始まる。 パパは宇宙人だったらしい。
爆弾で地球が危なかったけどヒロが繋がることで止める。 001は先史文明の生き残りで、宇宙から思念体が来て戦っていた。 ゼロツーはヒロの所に行くことに。 博士の腕には001の細胞が入れてあって、それでゲートを通過。 ヒロはすっかり飲み込まれていたけど001の力で操縦に成功。 思念体は逃げていく。
植物を育て始める。 ゼロツーはまだ回復しない。 ココロの妊娠が判明。 作物は枯れてしまう。 地下には廃棄された子どもたちが保存してある。 ヒロがゼロツーと角を合わせると記憶が見えて、セロツーの意識は宇宙にいると判る。 ヒロは火星に行くことに。いろいろあって、ココロ以外も来ることに。
ヒロ達は宇宙で戦う。 ヒロはアルファと一緒にアパスの所に辿り着いて、ヒロだけアパスに乗り込む。 触手に取り込まれてゼロツーを説得すると、地球の方のゼロツーは石になってアパスは肉入りに。 元からヒトっぽいロボだとは思ってたけど。 ワープゲートが現れて、アパスで爆弾を持って敵本体の所に行くことに。
最終回。
地上では植物を育てたり、ココロが出産したり。
ナオミ達も復活させる。
ゼロツー達は2年かけて敵の母星に到着。
ヒロの声が聞こえなくなるけど、地上のゼロツーにみんなが祈ると声が届いてヒロも復活。
敵を倒すけどゼロツー達も消滅する。
総括。
思ったより壮大な話だった。
まあ、TRIGGERだからキルラキルとかグレンラガンみたいになっても不思議は無かった。
途中のどんでん返しにうまく付いて行けなかったので、その後がふわふわしていた。