Windowsフォルダ下に、WININIT.INIというファイルが作られる事があります。
これは、OSが起動する前に実行されるプログラムWININIT.EXEの設定ファイルなのだそうです。
これを利用すると、次回起動時までに実行中ファイルを削除やリネームを行ってくれます。

■ ファイルを削除する場合

[Rename]
NUL={対象となるファイル名}

■ ファイルをリネームする場合

[Rename]
{変更後のファイル名}={対象となるファイル名}

こういった感じにエントリーを設定しておき、OSを再起動させると処理が行われます。
即座にファイル変更を行いたい場合、ExitWindowsEx等のAPIを実行させる事で実現する事ができます。