「ガンレックス」が「ルーンカロッゾ」を倒してから３年。平和の続いていた「スダ・ドアカ・ワールド」に謎の機兵軍団が現れ、各地の国が次々と滅ぼされる事件が起こった。「ダバード軍」は、「ガンレックス」消失の痛手を新機兵「グランレックス」で埋め、正体不明の軍勢に備えていた。そんなある日、パトロール中の「バーサル騎士ガンダムGP01」は森で一人の騎士を見付け「ダバード城」に連れ帰った。全ての記憶を失い、名前すら覚えていないそんな騎士は死んだように眠り続けた。そして数日後、王国の上空に空とぶ城が現れた･････。
空からは「天空魔城ゲルニカ」が、地上からは「侵攻要塞グランザム」が、機兵やむモンスターを吐き出しながら突き進む。「ダハード城」は「グランレックス」と装甲馬車「オーキス」を中心として立ち向かうが、圧倒的軍勢に後退を余儀なくされ、「ダハード城」の目前にまで追い込まれてしまう。「ゲルニカ」から現れた「重魔騎士アトミックガンダム」は盾の魔力で巨大化、大魔騎士となり、「グランレックス」に襲い掛かった。その狙いは「バーサル騎士」に助けられた謎の騎士「神秘騎士ネオガンダム」を捕らえること･････。
突如「ダバード王国」に襲来した「デラーズ国」の「天空魔城ゲルニカ」。「バーサル騎士ガンダムGP01」を中心とする騎士達は、その圧倒的武力の前になす術もない。しかし、「神秘騎士ネオガンダム」の危機に現れた「神秘機兵エルガイヤー」は、素早いうごきで「大魔騎士アトミックガンダム」に深手を負わせ、「天空魔城」を撤退させた。「ネオガンダム」の唯一の記憶、”６”こそ悪を倒し、国を守る鍵となることを直感した「バーサル騎士ガンダムGP01」は、勇士を集め、その”６”を を探す旅に出た･･･。
旅の途中で会った占い師に言葉に従い、「ネオガンダム」達は「ラビアン砂漠」にある「フレメン村」を訪ねた。この村の神殿には、白水晶でできた巨大な神像が祭られていた。そこへ「天空魔城」から突然の攻撃が開始された。立ち向かった「エルガイヤー」だったが、「死機兵エビルシャドウ」の攻撃に動きを封じられてしまう。その時、謎の２体の間に割って入り、「エルガイヤー」は危機を脱した。「薔薇騎士」と名乗るこの騎士は、果たして敵なのか味方なのか･･･？
「フレメン村」を後にした「ネオガンダム」達は、何人たりとも足を踏み入れてはならないという神の山、「アバロン山」へと向った。そのふもとで、不思議な力を秘めた「騎士ガンダムガーベラス」に出会った彼らは、様々な敵の妨害をくぐり抜け、ついに山頂に達した。一方、「アトミックガンダム」は一気に彼らを倒そうと、「アバロン山」の神を恐れる「エギーユ王」には無断で、兵を送り込んだ。その戦闘の最中、山頂にある火口と湖の中から煮２体のゴーレムが現れ、そのまま激しく戦い始めた･･･。
「神秘騎士ネオガンダム」の言う”６”を探すたびに出たダバードの一行は、「フレメンの村」へ。そこでゲルニカの攻撃を受けるが、「薔薇騎士」と名乗る謎の騎士に救われ、「機甲神オルフェリオス」を手に入れる。「ネオガンダム」の探す”６”とは機甲神のことだったのだ。「アバロン山」で「機甲神アクアリウス」と「マーキュリアス」を手に入れたものの、「ネオガンダム」はいやな胸騒ぎを感じていた。「大魔騎士アトミックガンダム」に痛めつけられ、横たわる「薔薇騎士」の正体は、「仮面騎士」こと、「ネオ」の兄だった･･･。
徐々に記憶に従い、「ネオガンダム」は残る最後の機甲神を探すため、「エルガイヤー」で単身飛び立った。そして、南海の孤島にある洞窟で「機甲神ギガンティス」を発見するが、「影機甲神カオスガイヤー」に強襲される。その操手は、洗脳され完全に悪の意志に支配された「月影騎士ルナガンダム」だった。兄からの情けない攻撃んに「ネオガンダム」の心は揺れる。一方、「ダバード王国」では、「天空魔城ゲルニカ」による侵攻が、すでに開始されていた･･･。
「ゲルニカ」の侵攻に、「ダバード軍」は総力戦で対抗した。旅の者「闘士ラムダガンダム」も戦いに加わるが、圧倒的戦力の前に劣勢を強いられる。しかし、「バーサル騎士GP01」、アトミックこと「GP02」、ステイメンこと「GP03」の、「運命の三騎士」がその力を合わせた時、「オーキス」は真の力を解放した。「カオスガイヤー」によって傷付いた「エルガイヤー」もダバードに戻ってきたが、その目の前で五体の「機甲神」達が、「ネオガンダム」の制止も聞かずに、「カオスガイヤー」を中心にして合体を始めた･･･。
五体の機甲神は「影機甲神カオスガイヤー」と重影合身し、「闇機甲神ガンジェノサイダー」となった。そして、それを駆るのは「エギーユ王」によって洗脳された「月光騎士ネオガンダム」の兄「月影騎士ルナガンダム」だった。残された「エルガイヤー」で戦いに臨む「ネオガンダム」は、「運命の三騎士」の操る「飛空機スーパーオーキス」の力を得て、合身の中心にいた「カオスガイヤー」を倒した。その衝撃で、五体の機甲神は傷つき、どこかへと飛び去ってしまった。「カオスガイヤー」の残骸を前に、「ネオガンダム」の心は重く沈んだ･･･。
月が、不気味に赤く染まる夜･･･、「ダバード王国」に多数の隕石が降り注ぎ、時同じくして「デラーズ軍」の軍勢が、大挙押しよせてきた。大軍を前に、「エルガイヤー」と「スーパーオーキス」は引き離され、「ダバード軍」は後退を余儀なくされる。援軍として駆けつけた「ラクロア騎士団長アムロ」は、この侵攻にただならぬ気配を感じ、「女王ニナ」に敵の中枢である「天空魔城ゲルニカ」への直接攻撃を進言した。｢女王ニナ」はしばらく迷っていたが、｢ネオガンダム」に対し、「ゲルニカ｣への突入を命じた･･･。
「ゲルニカ」に突入した「エルガイヤー」と「スーパーオーキス」は、その内部で「グレンモンスター」の襲撃を受けた。不意をつかれた「ネオガンダム」は反撃しようとするが、さらに無数の「ジオンシード」に阻まれる。苦戦の末これを倒すが、地響きとともに「ゲルニカ」が崩れ始めた。間一髪、「エルガイヤー」達は脱出できたが、「デラーズ軍」の兵やモンスター達は、多くが「ゲルニカ」と一緒に消えていった。もうもうと立ち込める煙の中から、巨大な脳「ジークブレイン」があらわれた。そして身構える「エルガイヤー」の頭上からは、金色の光が･･･。
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