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かつて冷酷無比のテロリスト、キャスター・トロイ（ケイジ）によって狙撃され、その際に最愛の息子を失っているＦＢＩ捜査官ショーン・アーチャー（トラヴォルタ）。彼は飛行場での壮絶な追撃戦の末、ついにトロイを捕らえたが、トロイがＬＡのどこかに細菌爆弾を仕掛けている事が判明。当のトロイは植物人間となっており、唯一の情報源は獄中にいるトロイの弟ポラックスだけだった。ＦＢＩ特殊班はアーチャーにトロイの顔を移植し外科的手術で本人そっくりに変えてから刑務所に潜入させポラックスから爆弾の設置場所を聞き出そうと提案。それは完全な極秘結計画として行われ、トロイの外観を得たアーチャーは、凶悪な犯罪者だけを収監した特殊刑務所に送られた。だが一方で昏睡状態だったはずのトロイが覚醒、彼は特殊班の医師を脅迫し保存されていたアーチャーの顔を自分の顔に移植させる。そしてポラックスから爆弾の場所を聞き出すことに成功したアーチャーの前にアーチャーの顔をつけたトロイが現れた。計画に関与した人間は全員殺され、刑務所にいるのがアーチャーである事を証明する手段は何一つ残されていなかった。トロイはＦＢＩ捜査官アーチャーとして爆弾を解除した事で脚光を浴び、権力と金を手に入れようとしている。アーチャーはトロイの陰謀を阻止するために要塞のような監獄から脱走、トロイの仲間の元へ身を寄せるのだが、そこにトロイの指揮する特殊部隊が急襲をかけた…。
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