豊臣秀吉から加藤清正が肥後を与えられ、慶長6年(1601)頃から隈本城の改築を行い、同12年に完成した。大天守は三層六階で高さ30mある。石垣は扇の勾配であり、登って行くにつれて急峻になる、清正独自の考案による。 　清正の没後、2代目藩主の忠広は改易となり、寛永9年(1632)に細川忠利が54万石で入城した。子孫が10代続いて明治維新を迎えた。