PC関連およびUD掲示板

a href="http://www.asahi-net.or.jp/~gr4y-trwk/barbidx.htm" target="_top">ホームページ) 投稿日時: 2001年5月10日 23時41分
1台だけ新規インストールのヴィクトリアは、Win2Kでも、ダイヤルアップ接続できることはできる。ところが、接続を切断すると、切断するプログラムが止まってしまう。仕方ないからプログラムの強制終了をやると、エクスプローラごと強制終了される。したがって、Windows自体の終了も正しくできない。ハードウェアリセット（あるいは強制電源遮断）しかなくなる。そうすると、ファイルが失われる恐れがあるなど、危険きわまりない。だから、ヴィカでもイリナ同様の解決をとることにした。しかも、ヴィクトリアの場合、ディスプレイボードの問題がないので、UDを動かすだけならWin98でも全く問題はない。
# 最初にこれを経験したときは、誤って終了させてはならないプログラムを強制終了、データが全消去されるという憂き目にあった。さらに、最初に課題完了した際も、サーバと通信できない間に（これはダイヤルアップ接続が起動していないから当然）データをロスト。このときは、70%過ぎのところでデータバックアップをとっていたので、最初からやり直しという最悪の事態は免れたものの、3時間以上タイムロス。そもそも課題自体が15時間オーバーというきついものだった上、2度の大きなロスを加えて、最初の課題完了までまるまる1日を超えてしまった。

しかし、途中で疑問が浮かんできた。あるマシンで計算完了したデータを、ほかのマシンを使って送信することはできるのか。
果たしてこれはできたのである。まず、送信に使うマシンの計算中のデータを待避しておき、終了。その後、別のマシンで計算完了したデータをディレクトリ丸ごと送信マシンに送り、そのUDを立ち上げる。（別のマシンのUDをネットワーク越しに直に実行することもできるけれども、セキュリティの観点からおすすめできない。）
ポイントは、送信に使ったマシンの性能をもとに計算される。イリナは、ポイントの低い機械なので、それでも問題はない。しかし、ヴィクトリアは、メモリが+512MB増強されたばかりなので、うちの機械の中では断然ポイントが高い。他の機械に比べ、同じ稼働時間で、およそ倍のポイントになる。ヴィクトリアのポイントを半分にはしたくない。
# とすれば、1台ポイントの高いマシンがあれば、そのマシンを経由してデータを送ればポイントを水増しできることになる。

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セーブポイントと難関分子

投稿者名: ytori＠管理人 (ホームページ)
投稿日時: 2001年5月10日 23時43分

重要な注意！
この記述は、最初のターゲット "Superoxide Dismutase" を基準にして書いています。以降のターゲットには当てはまらない場合もありますのでご了承ください。

この種のプロジェクトで（専門的には、分散コンピューティングの実験）先発の宇宙人探し (SETI@Home)は、いつ終了させても問題はないらしい。しかし、今回のUDには、「セーブポイント」が存在する。つまり、ここでしかデータがセーブされない、という時点である。

今回の問題、癌の治療薬発見では、まず（おそらく既存の抗ガン剤をもとに）一連の分子100種類を派生させて、それをひとまとまりとして計算する（以降、これを1カウントと呼ぶ）。100カウントあるいは200カウントで1回の課題が完了で、サーバーに結果を返し、新たな課題が与えられる。この、1カウント進行した時点でしかデータはセーブされない。
ところが、この1カウントというのが、とんでもない曲者である。ときとして、とんでもない分子が出現するのだ。
このプログラムでは、薬の可能性のある分子と、癌のもととなるタンパク質と、相互作用しうるかどうか、照合して調べる。1つの分子について、照合する数が十億の桁に達することがあるらしいのだ。（これがconformerの数字で表されるものである。）私が確認した限りでも、9億までいったことがある。
しかし、conformerの数字だけでなく、どれだけ速く照合できるかがさらに大きな問題である。1秒間に数十万～100万のconformerが終わることもあれば、毎秒100conformer、10の位のカウントアップが読めるくらいのことさえある。億単位のconformerでも、時間としては大してかからないこともあるし、10万単位でも相当手強い分子もある。
ここまでは、1分子の難しさの話をした。しかし、一つ一つの分子はさほど手強くなくても、1シリーズに登場する分子がことごとくそれなりの時間を食らうというパターンもある。

なお、私の観察したところ、100万conformerを超えそうなところで打ち切られることが多いようだ。100万を超えることは少ない（ただし、1課題で1回くらいは、億の桁に達する分子が出現する。）さらに、100万を超えるのはほとんどが1シリーズの最初か最後である。つまり、分子名の最後のハイフンつきの数字が、ないか、100（あるいは100に近い数字）かである。もちろん、conformerを計算する速度にもよるが、100万を超えたら長期戦を覚悟したほうがよさそうだ。

結局、1カウント進むのに、数秒で終わってしまうこともあれば、半日を超えることさえある。1分子の計算さえ、（800MHz程度のマシンで）10時間かかることがある。その間に、どうしても機械をシャットダウンする必要があれば、またセーブポイントからやり直しである。
さらに、マシンがハングしたような場合は、最悪、セーブデータそのものが消える。つまり、0%からやり直し、ということである。

それを避けるには、折を見て、データをバックアップすることである。特に、課題が95%を超えて、完了が近づいたら、こまめなバックアップをおすすめする。完了直前に1回、課題が完了して通信の準備を始める間にもう1回のバックアップが望ましい。サーバとの通信が失敗しデータが消えるという、最悪の事態に備えるためである。データロストの危険がもっとも大きいのは、結果をサーバに送るその瞬間である。

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UDはお祭り、楽しみながらいきましょう

投稿者名: ytori＠管理人 (ホームページ)
投稿日時: 2001年5月10日 23時44分

といった具合で、いろいろ問題がある。しかし、いったんインストールした後は人間は何もしなくてよいとしたら、面白くはないだろう。今回のUDは、何もしないでよいように見えて、実はいろいろとしなければならない。だから逆に面白いとも言える。
まず、常時接続でない人は、課題が完了するたびに接続しなければならない。マシンを落とすときには、きちんと手続きを踏んで終了する必要がある（さもないと、解析中にシャットダウンすることになり、セーブデータそのものが消える恐れがある。）。さらにその際、次のセーブポイントまで待つか、あるいは前回セーブポイントからの計算を破棄するか、判断を迫られる。また、データロストを回避するためには、時折のバックアップ、特に課題完了が近づいたらこまめなバックアップが望まれる。

これは基本的にお祭り。予定では1年間続くことになっている。だから楽しみながらいきましょう。

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