なお諱の「大海人」は、凡海(おおしあま)氏の養育を受けたことに拠る命名と思われる。凡海氏は海部(あまべ)を統率した伴造氏族で、『新撰姓氏録』には右京・摂津国居住の凡海連が見えるが、ほかにも周防・長門・尾張など各地に居住したことが史料から窺える。参考：天武天皇と舞鶴を結ぶ須岐田の謎
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翌年５月、舎人の朴井連雄君は近江朝廷が美濃・尾張で兵を集めているとの情報を齋す。同じ頃、近江京と倭京の間に監視が置かれているなどの報も入り、大海人は身の危険を悟る。翌６月22日、村国連男依らを美濃国安八磨郡に派遣し、兵を起して不破の道を塞ぐことを命じる。24日、東国へ逃れる（壬申の乱。実際には大海人の計画的な決起であったとする説も多い）。この時同行したのは菟野皇女・草壁・忍壁以下、二十数名の舎人、十数名の女嬬のみであった。同日菟田の吾城に至り、大伴連馬来田・黄文造大伴らが吉野より追いつく。また「猟者の首」大伴榎本連大国・美濃王らも従駕。夜半、隠(名張)郡に至り、駅家を焼いて人夫を募るが、反応無し。さらに伊賀郡に急行し、中山(三重県上野市付近？)に至って郡司らが数百の兵を率いて来帰。積殖(阿拝郡柘植郷)の山口に至ると、近江から駆けつけた高市皇子に遭遇。伊勢の鈴鹿で山道を遮る。26日、朝明郡迹太川(朝明川)の辺で天照大神を望拝。この時大津皇子の参来を知り、大海人は大いに喜ぶ。朝明郡家に至る直前、村国男依が駆けつけ、不破道を塞ぐことに成功したと報告。大海人は高市皇子を不破に派遣、さらに東海道諸国・東山道諸国に兵を起す。
大海人の東国入りを知った近江朝廷は、東国・倭京・筑紫・吉備などに兵を起そうとするが、筑紫大宰栗隈王は挙兵を拒絶。この頃、大伴吹負は倭京に留まり、吉野側への帰順を決意、僅かに数十人の同志を得る。
27日、高市皇子の要請により大海人は不破に入る。郡家に至った頃、尾張国守小子部連{金偏に且}鉤(さひち)が２万の兵を率いて帰順。大海人は野上で高市皇子に逢い、軍事を一任。また吹負を倭(やまと)の将軍に任命し、奈良に軍を派遣。
７月２日、紀臣阿閉麻呂ら、数万の兵を率いて伊勢大山より倭に向かう。また村国男依らは数万の兵を率いて不破より近江に入る。近江側は不破を撃つため犬上川の辺に軍を敷いたが、内紛などのため進軍できず。近江の将軍羽田公矢国らは吉野に来帰し、越の国に向かう。
７月４日、吹負は近江の将大野君果安と奈良山で合戦するが、敗走。７日、村国男依らは息長の横河で近江軍を破る。同日、東道将軍紀阿閉麻呂、置始連菟率いる千余の兵を倭京に派遣。
男依率いる軍は連戦連勝、22日、瀬田に至り、大友皇子らの率いる近江の大軍と対峙。大分君稚臣らの功により大勝。大友皇子らはあやうく逃れる。男依は粟津岡に軍を置く。23日、大友皇子は山前に隠れ、自縊。左右大臣群臣、みな散亡。
一方、敗走した吹負は再び兵を集め、當麻の衢で壱伎史韓国の軍と衝突。勇士来目らの功により近江軍を大破し、22日、倭京を平定。26日、諸将は不破宮に参向。
８月25日、近江群臣の重罪者を処刑。９月、飛鳥岡本宮に移る。
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675(天武4)年１月５日、初めて占星台を建てる。２月９日、諸国に歌の上手・小人・伎人を奉ることを命ずる。４月18日、麻續王を因幡国に配流。
678(天武7)年４月７日、倉梯の斎宮への行幸に出発。この時、十市皇女(天武第一子か。故大友皇子の妃)が宮中で急死し、行幸は中止される。
679(天武8)年５月５日、吉野行幸。この時、天武天皇の吉野宮に幸せる時の御製歌(01/0027)。一説に、天皇の御製歌「み吉野の耳我の…」(01/0025・或本歌0026)もこの時披露されたかという。翌６日、草壁・大津・高市・河嶋・忍壁・芝基を集め、「相扶けて逆ふること無」きことを盟約させる。同年10月、勅で僧尼の民間活動を禁ずる。11月、竜田山・大阪山に関所を設け、難波に羅城（城壁）を築く。
680(天武9)年５月１日、綿布などを京内の24寺に施入。この日、初めて金光明経を宮中・諸寺で説かせる。11月12日、皇后、不豫。治癒を願って薬師寺の建立を始める。11月26日、天皇、不豫。僧百人を得度するとしばらくの後平癒。
681(天武10)年２月25日、律令を改め、法式改定を命ず(飛鳥浄御原令)。同日、草壁皇子、立太子(20歳)。一切の政務に与からせる。３月、川嶋皇子・忍壁皇子・広瀬王・竹田王・桑田王・美努王(栗隈王の子)・中臣連大嶋らに「帝紀及上古諸事」記定を命ず（『日本書紀』編述の出発点か）。７月４日、遣新羅使・遣高麗使。
682(天武11)年９月２日、跪礼・匍匐礼を禁じ、難波朝廷（孝徳）の時の立礼を用いる。12月３日、諸氏の氏上を申告制とする。
683(天武12)年２月１日、大津皇子に初めて朝政を執らせる。３月２日、僧正・僧都・律師を任命。僧尼を国家の統制のもとにおく僧綱制度を整える。
684(天武13)年閏４月５日、政治における軍事の重要性を説き、文武官に武器の用法と乗馬の練習を課す。また衣服の規定を設ける。10月１日、八色の姓制定。
685(天武14)年１月、冠位四十八階を制定。３月27日、「国々で家毎に仏舎を作り仏像と経典を置いて礼拝せよ」との詔を出す。７月26日、朝服の色を定める。９月24日、不豫。11月24日、天皇のため招魂（魂振り。魂が体から遊離しないよう鎮める）を行う。
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天武即位前紀によれば、大海人皇子は生まれつき勝れた容姿をもち、長じて雄々しく武徳を備え、天文・遁甲(占術)を能くした。菟野皇女を正妃とし、天智元年(天智が即位した年、すなわち天智称制７年を指すか)に東宮となった、とある。
天皇を中心とした集権国家体制の確立に努め、律令官人制や公地公民制の整備を推進する一方、仏教の振興や国史編纂にも意を注ぐなど、その業績は多方面にわたった。
関連サイト：天武天皇の歌（やまとうた）