御茶ノ水駅には改札が２個所（医科歯科大方面と聖橋方面）あり、それぞれにちゃんとトイレがあります。
でも汚い。そしてせまい。

だいたい混んでいるので、お茶の水駅のトイレは、入れればラッキーぐらいに思います。

むかしお茶の水でトイレに行きたくなったとき、学生のフリして医科歯科大のトイレを借りたことがあります。
大学のトイレは汚いですけど、まあまあ広いし紙もあるからいいですよ。誰でも入れるし。