一章　総則（一―三条）

　特定外来生物の飼養、輸入を規制し国などによる防除の措置を講ずることで、生物の多様性の確保、人の生命の保護、農林水産業の健全な発展に寄与することが法の目的。
　特定外来生物は、海外から導入され、わが国の生態系に被害を及ぼす政令で定める個体や器官（生きているものに限る）。
　主務大臣は、中央環境審議会の意見を聞いて特定外来生物による生態系被害を防止するための基本計画を作成。

　二章　特定外来生物の取り扱いに関する規制（四―一○条）
　
　特定外来生物は飼養をしてはならない。
　学術研究の目的などで特定外来生物を飼養しようとする者は、主務大臣の許可が必要。
　主務大臣は、飼養者が省令で定める基準に適合する飼養施設（特定飼養施設）を有しない場合、飼養の許可をしてはならない。
　主務大臣は、許可を受けた者が規定に違反した場合、飼養施設の改善を命ずることや、許可を取り消すことができる。
　特定外来生物は輸入してはならない。
　特定外来生物は譲り渡し、譲り受けをしてはならない。
　特定外来生物は特定飼養施設の外に放ち、植栽してはならない。
　主務大臣は、特定外来生物の飼養施設に立ち入り検査できる。

　三章　特定外来生物の防除（一一―二○条）
　
　特定外来生物による生態系への被害が生じた場合、主務大臣などは防除を行う。
　主務大臣などは防除に必要な限度で、他人の土地、水面に立ち入り、捕獲の支障となる立ち木などを伐採できる。
　国は、立ち入り、伐採で損失を受けた者に損失を補償する。
　補償額に不服がある者は、増額を請求できる。
　国は、防除が必要な場合、原因となる行為を行った者に費用を負担させることができる。
　規定は、地方自治体に準用する。

　四章　未判定外来生物（二一―二四条）＝略

　五章　雑則（二五―三一条）＝略

　六章　罰則（三二―三六条）
　
　飼養などの禁止規定に違反した者は三年以下の懲役か三百万円以下の罰金。法人は一億円以下の罰金。