元ファイルをどれにするかということについて、単純な比較はできません。理由はこちらで説明していますが、たとえば、サンプリングレート８Kで８ビットのWAVファイルと、サンプリングレート44.1ｋHZのMP3、あるいはMP4や３GPファイルがあったとします。聴きくらべてみると、WAVのほうが音質が悪いはずです。 同じサンプリングレート、たとえば、44.1KHｚ、16ビットのWAVファイルと44.1ｋHZのMP3、MP4、３GPなどを比較するとWAVのほうが音が良いですが、違うサンプリングレートのものを比較しても、意味は無いということです。

変換ソフトが内部的に行なうので、ユーザーには見えませんが、MP3からMMFやMLDに変換する場合、データは一旦PCMという形式に変換されます。PCM形式はWAVファイルのデータ形式ですので、一旦WAVファイルを経由して、それからMMFやMLDに変換されているということになります。

結論として、同じサンプリングレートの１６ビットのWAVファイルと、MP3ファイルがあるのであれば、WAVファイルを元にしたほうが音が良くなります。こちらで説明していますが、同じサンプリングレートで条件をそろえると、MP3ファイルの音質がWAVよりも悪くなっている可能性が高いからです。 上でMP3はWAVを経由してからMMFやMLDに変換されると書いていますが、MP3をWAVに戻しても、元の音質には戻らないことに注意してください。 理由はこちらをご覧ください。